중소기업 확인서 발급, 5분 만에 끝내는 방법 (2025년 최신판)

2025-09-22

안녕하세요. 8만 법인의 등기를 도와드린 헬프미 법률사무소입니다.

정부 지원 사업 신청, 세금 감면 혜택, 공공입찰 참여 시마다 필수로 요구하는 서류, 바로 '중소기업 확인서'입니다. 대부분의 경우 온라인으로 5분이면 충분히 발급받을 수 있습니다.

중소기업 확인서 발급 절차에 대해 알려드리겠습니다.

1. 중소기업 확인서, 왜 필요한가요?

중소기업 확인서는 우리 회사가 「중소기업기본법」 상 '중소기업'임을 국가가 공식 인증하는 증명서입니다. 이 확인서 한 장으로 다음과 같은 수많은 혜택의 문을 열 수 있습니다.

이처럼 중소기업 확인서는 사업을 운영하는 데 있어 필수적인 '인증서'입니다.

중소기업 확인서를 받으려면 「중소기업기본법」 제2조에서 정한 두 가지 핵심 기준, 즉 규모 기준과 독립성 기준을 모두 충족해야 합니다.

평균 매출액: 회사의 주된 업종별로 3년간의 평균 매출액이 중소기업기본법 시행령 [별표 1]에서 정한 기준 이하여야 합니다. (예: 정보통신업 800억 원 이하, 제조업 1,500억 원 이하 등)
자산 총액: 업종과 관계없이 자산 총액이 5,000억 원 미만이어야 합니다.

공정거래법상 '공시대상기업집단(대기업 집단)'에 소속된 회사가 아니어야 하며, 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 주식의 30% 이상을 직접적·간접적으로 소유하면서 최다출자자인 기업이 아니어야 합니다.

헷갈리시나요? 괜찮습니다!
이 기준을 직접 계산할 필요는 없습니다. 아래에서 설명할 온라인 시스템이 국세청 자료를 바탕으로 알아서 자동으로 검토해 주기 때문입니다.

확인서 발급은 온라인 자동 발급이 원칙이지만, 일부 예외적인 경우에는 오프라인으로 서류를 제출해야 합니다.

대부분의 기업은 이 절차를 통해 확인서를 발급받을 수 있습니다.

이런 기업은 자료 제출도 필요 없어요!

직전년도 또는 당해연도 창업 기업은 온라인 자료제출 없이 바로 신청서 작성 단계로 넘어갈 수 있습니다. (단, 합병/분할 기업 등 일부는 제외)
원천징수이행상황신고서의 간이세액 신고 인원이 없는 기업은 해당 서류를 제출하지 않아도 됩니다.

신청서 제출 후 시스템이 자동으로 요건을 검토하여, 문제가 없으면 즉시 확인서가 발급됩니다. [나의 확인서 조회/출력] 메뉴에서 확인서를 출력할 수 있습니다.

다음과 같은 사유로 온라인 자료제출이 불가능한 경우, 오프라인(우편)으로 서류를 제출해야 합니다.

유효기간: 직전 사업연도가 12개월 이상인 기업의 경우, 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간 유효합니다. (예: 12월 결산 법인은 4월 1일 ~ 다음 해 3월 31일)
갱신 시기: 원칙적으로 직전 사업연도 말일부터 3개월이 지난 후부터 가능하지만, 법인사업자는 국세청에 전년도 법인세 전자신고를 완료했다면 그 다음 날부터 바로 갱신 발급이 가능합니다.

Q1. 법인세 신고를 오늘 막 마쳤는데, 바로 확인서 발급이 가능한가요?
- A1. 국세청 자료가 연동되는 데 시간이 필요하므로, 신고 다음 날부터 온라인 자료제출이 가능합니다. 만약 신고 당일 발급이 급하다면, 회계프로그램에서 생성한 '법인세 전자신고파일'을 직접 업로드하여 제출해야 합니다.
Q2. '소상공인 유예검토' 대상이라고 나오는데 이건 무엇인가요?
- A2. 확인서를 최초로 발급받는 기업 등 일부는 소상공인 여부를 판단하기 위해 과거 규모를 추가로 확인하는 절차를 거칠 수 있습니다. 안내에 따라 과거 자료를 제출하고 필수 항목을 입력해야 확인서 발급이 완료됩니다.
Q3. 온라인 제출이 너무 어렵습니다. 방법이 없을까요?
- A3. 국세청에 등록된 인증서로만 로그인이 가능하므로 절차가 복잡하게 느껴질 수 있습니다. 이 경우, 세무대리인에게 자료 제출을 요청하는 것이 가장 빠르고 정확한 방법입니다.